Causas frecuentes de la microbiota vaginal alterada
- Raquel Tulleuda

- 17 ago
- 12 min de lectura
La microbiota vaginal puede alterarse por decenas de razones distintas, pero no todas tienen el mismo peso ni actúan por los mismos mecanismos. Algunas causas son directas e inmediatas —un antibiótico de amplio espectro puede deplecionar la flora lactobacilar en días—. Otras son indirectas y acumulativas —el estrés crónico o una dieta alta en azúcares debilitan el ecosistema de forma gradual y silenciosa—. Y algunas no son evitables: la genética, la etnia y los cambios hormonales del ciclo vital condicionan la microbiota con independencia de lo que haga la mujer.
Entender qué causa el desequilibrio —y si esa causa es o no modificable— es el primer paso para abordarlo de forma estratégica y no solo reactiva. Esta página desarrolla cada causa con el nivel de detalle y evidencia que merece.
Clasificación general: causas modificables y no modificables
Antes de entrar en el detalle de cada factor, es útil distinguir entre dos categorías fundamentales:
Causas no modificables son las que dependen de la biología de la mujer y no pueden cambiarse: la genética, la etnia, la edad, el ciclo hormonal. Conocerlas permite contextualizar el riesgo personal sin caer en la culpabilización.
Causas modificables son las relacionadas con hábitos, conductas o exposiciones farmacológicas que sí pueden ser controladas o minimizadas. Son el terreno de la prevención activa.
La mayoría de los episodios de disbiosis vaginal son el resultado de la combinación de ambos tipos: una predisposición de base (no modificable) que se activa ante uno o varios factores desencadenantes (modificables). Comprender esto ayuda también a entender por qué las mismas circunstancias producen disbiosis en unas mujeres y no en otras.
Causas no modificables
Genética y predisposición individual
La composición basal de la microbiota vaginal tiene un componente genético significativo. La predisposición a desarrollar ciertos tipos de disbiosis —especialmente la vaginosis bacteriana recurrente— puede estar influida por factores del sistema inmune innato, por variantes en los receptores tipo Toll (TLR) del epitelio vaginal que determinan cómo responde la mucosa a los microorganismos, y por la capacidad individual de producir y mantener determinados niveles de glucógeno en el epitelio.
Las mujeres con antecedentes familiares de vaginosis bacteriana recurrente o candidiasis recurrente tienen mayor probabilidad de experimentar los mismos cuadros, lo que apunta a una base genética en la susceptibilidad. Sin embargo, la genética condiciona el riesgo, no lo determina de forma inexorable.
Etnia y origen geográfico
Uno de los hallazgos más consistentes —y más debatidos— de la investigación sobre microbioma vaginal es la variación en la composición de la microbiota según la etnia. El estudio seminal de Ravel (2011) mostró que las mujeres afroamericanas e hispanas presentaban con mayor frecuencia comunidades vaginales de tipo CST IV —sin dominio lactobacilar— que las mujeres de origen europeo o asiático, incluso en ausencia de síntomas o patología.
Las explicaciones propuestas incluyen diferencias genéticas en la respuesta inmune de la mucosa, variaciones en los niveles basales de glucógeno epitelial, diferencias en los niveles de estrógenos, y factores socioambientales asociados a la etnia como el estatus socioeconómico, el acceso a atención médica y determinadas prácticas higiénicas. La implicación clínica más importante de este hallazgo es que la ausencia de dominio lactobacilar no equivale automáticamente a patología en todas las mujeres: el contexto étnico y clínico completo debe considerarse antes de concluir que una microbiota es disbiótica.
Ciclo hormonal fisiológico
Los estrógenos son el principal regulador de la disponibilidad de glucógeno en el epitelio vaginal, que a su vez es el sustrato energético de los lactobacilos. Las variaciones hormonales fisiológicas a lo largo del ciclo menstrual producen fluctuaciones predecibles en la composición de la microbiota que no son patológicas en sí mismas pero representan momentos de mayor vulnerabilidad:
Durante la menstruación: la sangre (pH ~7,4) alcaliniza el entorno vaginal y reduce transitoriamente la ventaja de los lactobacilos. Algunas mujeres experimentan pequeños desequilibrios recurrentes asociados a este período.
En la fase lútea tardía: los niveles de estrógenos y progesterona varían de forma que algunos estudios asocian a mayor variabilidad en la composición de la microbiota.
Perimenopausia: la irregularidad hormonal propia de la transición menopáusica puede producir episodios intermitentes de mayor vulnerabilidad antes de que el ecosistema se estabilice en el nuevo estado posmenopáusico.
Envejecimiento y menopausia
La menopausia es la causa no modificable con mayor impacto sobre la microbiota vaginal. La caída de los niveles de estrógenos produce:
Reducción del glucógeno disponible en el epitelio → menos sustrato para los lactobacilos.
Adelgazamiento y atrofia de la mucosa vaginal → menor barrera física frente a patógenos.
Descenso de la población lactobacilar → pérdida del dominio protector y elevación del pH.
Mayor diversidad microbiana → mayor riesgo de disbiosis.
En mujeres posmenopáusicas sin terapia hormonal sustitutiva, la microbiota vaginal puede mostrar una reducción de lactobacilos de hasta el 99% respecto a los niveles del periodo fértil, lo que explica la mayor prevalencia de sequedad vaginal, infecciones urinarias recurrentes y disbiosis en esta etapa.
Causas modificables: farmacológicas
Antibióticos: el disruptor más directo
Los antibióticos de amplio espectro son, con diferencia, la causa farmacológica más frecuente y más inmediata de disbiosis vaginal. Su mecanismo de acción no distingue entre bacterias patógenas y bacterias comensales beneficiosas: al eliminar o reducir poblaciones bacterianas sin criterio de selectividad ecológica, pueden deplecionar la flora lactobacilar vaginal en el transcurso de pocos días.
Los efectos son dosis y tiempo dependientes: cuanto mayor es el espectro del antibiótico y más prolongado el tratamiento, mayor es el riesgo de disbiosis. Las combinaciones como amoxicilina-ácido clavulánico, las cefalosporinas de segunda y tercera generación y las fluoroquinolonas tienen especial impacto sobre los lactobacilos. Los macrólidos y las tetraciclinas también se han asociado a alteraciones de la microbiota vaginal.
La consecuencia más frecuente del antibiótico sobre el ecosistema vaginal es la candidiasis post-antibiótica, producida porque la reducción de lactobacilos deja sin control la proliferación de Candida albicans, que hasta ese momento estaba contenida por la competencia bacteriana y el pH ácido.
Implicación práctica: si se anticipa la necesidad de un tratamiento antibiótico, o si hay antecedentes de candidiasis post-antibiótica, la prescripción simultánea o posterior de un probiótico urogenital específico o de un antifúngico preventivo debe valorarse con el médico prescriptor.

Antifúngicos de uso recurrente
El uso repetido de antifúngicos azólicos —especialmente el fluconazol oral— puede, paradójicamente, favorecer la selección de cepas de Candida resistentes, especialmente Candida non-albicans (C. glabrata, C. krusei, C. tropicalis). Aunque el propio antifúngico no altera directamente la flora lactobacilar, los ciclos repetidos sin restauración del ecosistema mantienen el entorno vulnerable a nuevas proliferaciones fúngicas.
Anticonceptivos hormonales
El impacto de los anticonceptivos hormonales sobre la microbiota vaginal es complejo y varía según el tipo de método:
Anticonceptivos orales combinados (AOC): en general, tienden a estabilizar la microbiota vaginal al proporcionar niveles estrogénicos más constantes que el ciclo natural, reduciendo las fluctuaciones que favorecen la disbiosis. La mayoría de estudios observa un efecto neutro o levemente protector.
Anticonceptivos de solo gestágeno (minipíldora, inyectable, implante): al suprimir la producción endógena de estrógenos de forma más marcada, pueden reducir el glucógeno epitelial y debilitar el dominio lactobacilar, especialmente con uso prolongado.
DIU de cobre: algunos estudios observan pH vaginal ligeramente más elevado en usuarias de DIU de cobre, aunque la evidencia no es concluyente y el efecto es clínicamente modesto.
DIU hormonal (levonorgestrel): el impacto varía según la dosis y el sistema específico; los sistemas de baja dosis tienden a tener efectos mínimos sobre la microbiota.
Terapia hormonal sustitutiva (THS) en la menopausia
Al contrario que los anticonceptivos de solo gestágeno, la terapia hormonal sustitutiva en la menopausia tiene en general un efecto protector sobre la microbiota vaginal al restaurar parcialmente los niveles estrogénicos, aumentar el glucógeno disponible y favorecer la recolonización lactobacilar. La THS local (óvulos, cremas, anillos vaginales de estrógenos) tiene el efecto más directo y consistente sobre el ecosistema vaginal con mínima absorción sistémica.
Corticoides e inmunosupresores
Los tratamientos prolongados con corticoides sistémicos o inmunosupresores —en el contexto de enfermedades autoinmunes, trasplantes o quimioterapia— reducen la capacidad del sistema inmune de la mucosa para controlar el crecimiento de microorganismos oportunistas, aumentando el riesgo de candidiasis vaginal y otras disbiosis. La quimioterapia, en particular, puede producir mucositis vaginal con alteración grave de la barrera epitelial.
Causas modificables: higiene e irritantes locales
Duchas vaginales internas
Las duchas vaginales son uno de los factores más consistentemente asociados a disbiosis vaginal en la literatura epidemiológica. Estudios han cuantificado que su uso una o más veces al mes multiplica el riesgo de vaginosis bacteriana por un factor de 1,6 a 2,9 según la frecuencia.
El mecanismo es directo: la ducha arrasa la biopelícula lactobacilar, altera el pH del entorno y puede introducir microorganismos exógenos en el canal vaginal. Ninguna guía clínica ginecológica recomienda las duchas vaginales internas, y todas las principales sociedades científicas de ginecología desaconsejan activamente su uso.
Jabones, geles y productos de higiene inadecuados
El uso de jabones con pH neutro o alcalino, geles perfumados, desinfectantes o productos "antibacterianos" en la zona vulvovaginal altera el equilibrio del ecosistema por dos vías:
Modificando el pH del entorno hacia valores menos ácidos que favorecen a los patógenos oportunistas.
Actuando como irritantes que comprometen la integridad de la mucosa vulvovaginal, reduciendo su resistencia.
Los productos recomendados para la higiene externa son los geles de pH ácido (entre 3,5 y 4,5) sin perfumes, sin antisépticos y formulados específicamente para la zona íntima. El interior de la vagina no requiere ningún producto ni ninguna limpieza más allá del flujo fisiológico.
Productos menstruales y dispositivos intravaginales
Los tampones convencionales pueden absorber parte del flujo vaginal y modificar temporalmente el pH y la composición de la microbiota. Las compresas perfumadas y los protege-slips con fragancias pueden producir reacciones alérgicas de contacto que alteran la mucosa vulvar y favorecen la disbiosis.
Las copas menstruales de silicona médica, utilizadas correctamente y con adecuada higiene, tienen un impacto mínimo sobre la microbiota vaginal y pueden ser una alternativa favorable para mujeres con tendencia a infecciones recurrentes asociadas al período.
Ropa interior y vestimenta ajustada
El tejido en contacto con la zona íntima influye en las condiciones microclimáticas locales:
Tejidos sintéticos (poliéster, nylon, lycra) retienen el calor y la humedad, creando las condiciones de temperatura y humedad que favorecen el crecimiento de Candida y bacterias anaerobias.
Ropa muy ajustada (leggings, mallas, ropa interior ceñida) produce el mismo efecto microclimático.
Permanecer con ropa mojada (bañador, ropa deportiva sudada) durante períodos prolongados multiplica significativamente el riesgo de candidiasis.
El algodón, al ser transpirable y absorbente, mantiene la zona más seca y fresca, creando condiciones menos favorables para los oportunistas.
Causas modificables: conducta sexual
Semen y alcalinización del pH vaginal
El semen tiene un pH entre 7,2 y 8,0, que alcaliniza transitoriamente el entorno vaginal tras el coito. En mujeres con microbiota estable y dominada por L. crispatus, el ecosistema se recupera en pocas horas. En mujeres con microbiota más frágil —dominada por L. iners o con episodios previos de disbiosis— esa alcalinización transitoria puede desencadenar un desequilibrio más sostenido.
Esta es una de las razones por las que las relaciones sexuales sin preservativo se asocian de forma consistente a mayor riesgo de vaginosis bacteriana en los estudios epidemiológicos.
Múltiples parejas sexuales y cambio de pareja
El cambio de pareja sexual introduce nuevas comunidades bacterianas en el ecosistema vaginal, modificando el equilibrio microbiano preexistente. Las mujeres con múltiples parejas sexuales tienen tasas significativamente más altas de vaginosis bacteriana, incluso controlando otros factores de riesgo. Este efecto no es sobre cada pareja individual sino sobre la variabilidad acumulada de exposiciones.
La pareja como reservorio de reinfección
Aunque la vaginosis bacteriana no es una infección de transmisión sexual en sentido estricto, la pareja sexual puede actuar como reservorio de las bacterias asociadas a la disbiosis —especialmente Gardnerella vaginalis en el tracto genital masculino—, lo que contribuye a las recurrencias incluso con tratamientos correctos. En algunas mujeres con VB muy recurrente, el tratamiento simultáneo de la pareja puede ser una estrategia a valorar, aunque la evidencia al respecto no es todavía concluyente.
Sexo oral-vaginal
El sexo oral puede transferir bacterias orales al ecosistema vaginal, alterando temporalmente su composición. Algunas bacterias orales como Fusobacterium y Haemophilus han sido detectadas en la microbiota vaginal de mujeres que practican sexo oral con frecuencia, y su presencia se asocia a mayor diversidad y a comunidades de tipo CST IV.
Causas modificables: estilo de vida y salud general
Estrés crónico
El estrés psicosocial sostenido activa el eje hipotálamo-hipófisis-adrenal, elevando los niveles de cortisol. Este glucocorticoide actúa como inmunosupresor: reduce la actividad de las células NK, altera la producción de IgA secretora en la mucosa y compromete la función de barrera del epitelio vaginal. Además, el estrés crónico se asocia a menor producción de glucógeno vaginal, lo que reduce el sustrato disponible para los lactobacilos.
Una revisión de 2022 encontró que el estrés psicosocial crónico se asocia significativamente con mayor prevalencia de vaginosis bacteriana, con un mecanismo parcialmente mediado por la reducción de la abundancia de Lactobacillus spp. y la elevación del pH vaginal.
Tabaco
El tabaquismo es uno de los factores de riesgo más documentados para la disbiosis vaginal, con una asociación dose-dependiente con la vaginosis bacteriana. Los mecanismos son múltiples:
Efecto antiestrogénico: el tabaco reduce los niveles circulantes de estrógenos, disminuyendo indirectamente el glucógeno disponible para los lactobacilos.
Efecto del benzo[a]pireno diol epóxido (BPDE): este metabolito del tabaco se concentra en las secreciones vaginales de las fumadoras y puede inducir bacteriófagos en las células de Lactobacillus spp., destruyendo poblaciones lactobacilarles.
Inmunosupresión: el tabaco compromete la función inmune de la mucosa, reduciendo su capacidad de control de los microorganismos oportunistas.
Los estudios son contundentes: mujeres con microbiota vaginal que carecía de Lactobacillus spp. tenían 25 veces más probabilidades de ser fumadoras que mujeres con microbiota dominada por L. crispatus.
Alimentación y estado nutricional
La dieta tiene un impacto sobre la microbiota vaginal menos directo que sobre la intestinal, pero documentado y relevante:
Factores dietéticos que aumentan el riesgo de disbiosis:
Dietas altas en azúcares refinados y carbohidratos simples: el exceso de glucosa sistémica favorece la proliferación de Candida albicans en mucosas y es el principal factor de riesgo de candidiasis recurrente en mujeres con diabetes o prediabetes.
Dietas altas en grasas saturadas y ultraprocesados: se asocian a mayor prevalencia de VB en estudios observacionales.
Deficiencia de vitamina D: múltiples estudios epidemiológicos, incluyendo una metaanálisis, encuentran asociación entre déficit de vitamina D y mayor riesgo de VB. La vitamina D modula la respuesta inmune de la mucosa y puede influir en la resistencia del epitelio vaginal.
Deficiencias de vitaminas A, C y E: su rol en la función inmune y la integridad del epitelio las convierte en micronutrientes relevantes para la salud vaginal.
Factores dietéticos protectores:
Dieta mediterránea (rica en vegetales, legumbres, pescado, aceite de oliva, frutos secos): asociada a menor prevalencia de VB en varios estudios.
Consumo de folato y betaína: la betaína —presente en remolacha, espinacas, quinoa— se asocia a mayor abundancia de Lactobacillus spp. vaginales.
Alimentos fermentados: yogur, kéfir, chucrut, kimchi aportan lactobacilos al ecosistema intestinal con influencia indirecta sobre la microbiota urogenital.
Obesidad y síndrome metabólico
La obesidad y la resistencia a la insulina —frecuentemente asociada al síndrome de ovario poliquístico— se correlacionan con mayor riesgo de disbiosis vaginal, especialmente candidiasis recurrente. El mecanismo principal es la hiperglucemia y el exceso de glucosa disponible en las mucosas que facilita la proliferación de Candida.
Ejercicio físico y vestimenta deportiva
El ejercicio intenso y prolongado con ropa deportiva ajustada de materiales sintéticos crea condiciones de humedad y temperatura que favorecen la proliferación de hongos. El riesgo es mayor cuando se prolonga el tiempo con la ropa húmeda por sudor tras el ejercicio.

Causas modificables: condiciones médicas subyacentes
Diabetes mellitus y prediabetes
La diabetes —especialmente la mal controlada— es el factor sistémico que con mayor consistencia se asocia a candidiasis vaginal recurrente. La hiperglucemia proporciona un sustrato abundante para Candida albicans en todas las mucosas, incluida la vaginal. Las mujeres con glucemia elevada tienen tasas de candidiasis hasta tres veces superiores a las de las mujeres sin diabetes.
Inmunosupresión
Cualquier condición que comprometa la función inmune —infección por VIH, enfermedades autoinmunes, tratamientos inmunosupresores, quimioterapia— reduce la capacidad del sistema de defensa de la mucosa para controlar los microorganismos oportunistas. Las infecciones vaginales recurrentes en mujeres con inmunosupresión requieren evaluación y manejo específico.
Desequilibrio de la microbiota intestinal
El intestino y la vagina comparten un eje microbiológico documentado: el tracto gastrointestinal es uno de los principales reservorios de las bacterias que colonizan el tracto urogenital. Una microbiota intestinal disbiótica —con exceso de Candida, E. coli u otros oportunistas— puede actuar como fuente continua de recolonización de la vagina, manteniendo el desequilibrio vaginal incluso cuando se trata el episodio local. Esto explica por qué en algunas mujeres con disbiosis vaginal recurrente el abordaje combinado intestinal y vaginal puede ser más eficaz.
Preguntas frecuentes
¿Puede un único antibiótico desencadenar una disbiosis vaginal?
Sí. Un solo ciclo de antibiótico de amplio espectro —especialmente amoxicilina-ácido clavulánico, cefalosporinas o fluoroquinolonas— puede producir una reducción significativa de la flora lactobacilar vaginal en el transcurso de pocos días, con episodio de candidiasis o vaginosis bacteriana como consecuencia frecuente. El riesgo depende del antibiótico específico, de la duración del tratamiento y de la robustez basal de la microbiota de cada mujer.
¿Es el estrés una causa real o solo un factor menor?
Es una causa real, aunque indirecta. El estrés crónico actúa a través de la elevación del cortisol, que suprime la función inmune de la mucosa, reduce la producción de glucógeno vaginal y altera el equilibrio hormonal. Los estudios que relacionan estrés psicosocial con mayor prevalencia de VB son consistentes. Sin embargo, el estrés puntual o de corta duración no tiene el mismo impacto: es el estrés sostenido en el tiempo el que erosiona el ecosistema vaginal de forma significativa.
¿Por qué la misma causa no afecta igual a todas las mujeres?
Porque la susceptibilidad de base —condicionada por la genética, la etnia, los niveles hormonales y el estado inmune individual— determina el umbral a partir del cual una causa desencadenante produce disbiosis. Una mujer con microbiota dominada por L. crispatus muy robusta puede tolerar un ciclo antibiótico sin desarrollar candidiasis; otra con microbiota más frágil dominada por L. iners puede desarrollarla con el mismo tratamiento. No hay una causalidad universal: hay una interacción entre predisposición y factores desencadenantes.
¿La microbiota intestinal alterada puede causar disbiosis vaginal?
Puede contribuir a ella, especialmente en el contexto de disbiosis recurrente. El intestino es uno de los reservorios principales de las bacterias que colonizan el tracto urogenital, y un exceso de Candida o de bacterias oportunistas en el intestino puede actuar como fuente continua de recolonización vaginal. Por este motivo, en mujeres con disbiosis vaginal recurrente que no responde al tratamiento local convencional, evaluar y abordar simultáneamente la microbiota intestinal puede ser parte de la estrategia terapéutica.


